Loupání vařených vajec může být obtížné, zejména když se skořápka přilepí k bílku. Důvodem je struktura vejce: tvrdá skořápka, membrány a bílek.
Na snadnost čištění má vliv pH vaječného bílku; optimální pH je 8,7–8,9. Skladování vajec při teplotě kolem 22 stupňů Celsia urychluje zvýšení pH, ale je třeba vzít v úvahu riziko zkažení při delším skladování mimo ledničku. Méně čerstvá vejce se snáze čistí, protože s časem se zvětšuje velikost vzduchové komory a zvyšuje se pH bílku.
Při vaření se doporučuje začít s vroucí vodou a přidat do ní vejce o pokojové teplotě, aby se zabránilo prasknutí skořápky. Rychlé zahřátí podporuje srážení bílku u povrchu, čímž se snižuje jeho přilnavost k membráně a zlepšuje se čistitelnost.
Po vaření (3–15 minut v závislosti na požadovaném stupni uvaření) by se vejce měla ochladit v ledové vodě, aby se zastavil proces vaření a usnadnilo čištění.
Někteří odborníci doporučují přidat do vody sůl, ale účinnost této metody je sporná. Přidání kyselin nebo zásad může také ovlivnit proces čištění, ale je třeba být opatrný s agresivními látkami, protože mohou změnit chuť a strukturu vajec.
Pro dosažení ideální textury vařených vajec lze použít metodu „periodického vaření“, při které se vejce střídavě vkládá do vroucí a teplé vody. Tato metoda zajišťuje krémový žloutek a zcela uvařený bílek, ale vyžaduje více času a pozornosti.